Im Jahr 1815 kauften die Brüder Donald und Alexander Johnston ein Grundstück auf der schottischen Insel Islay um Viehzucht zu betreiben. Das Grundstück wurde aufgrund seiner Lage als Laphroaig für „Senke an der breiten Bucht“ bezeichnet. Das Brennen von Whisky praktizierten die Eigentümer zunächst nur nebenher aus überschüssiger Gerste. Der Whisky kam gut an und schnell zeigte sich, dass das Brennen profitabler ist als die Viehzucht.
In den 1870er-Jahren begannen die Streitigkeiten mit der nahegelegenen Lagavulin Destillerie im Besitz von Mackie and Co. Der Konflikt eskalierte endgültig im Jahr 1907 als Mackie and Co. für eine kurze Zeit die Wasserzufuhr von Laphroaig blockiert. Des Weiteren versuchte man 1908 mit Hilfe des abgeworbenen Laphroaig Head Brewer die Brennblase von Laphroaig für die Lagavulin Destillerie zu kopieren – es zeigte sich aber, dass sie den Whisky nicht kopieren konnten.
Mit Ian Hunter an der Spitze wurde die Destillerie 1921 umfangreich erweitert. 1923 kamen bei Laphroaig, so früh wie bei kaum einer anderen schottischen Destillerie, Bourbonfässer aus amerikanischer Weißeiche zum Einsatz. 1929 wurde der Export weltweit gesteigert.
Mit seinem Tod im Jahr 1954 übertrug Ian Hunter, der letzte der Familienlinie, die Geschäftsführung seiner langjährigen Angestellten und Vertrauten Bessie Williamson. Um weiteres Wachstum zu ermöglichen, verkaufte sie Laphroaig in den 1960er-Jahren an das schottische Unternehmen Long John International. Heute gehört die Marke Laphroaig zu Beam Suntory. Eine Auflistung der getesteten Produkte von Laphroaig befindet sich auf der Laphroaig-Übersichtsseite.
